Πρόκειται για ανώτερη διευθυντική θέση που διευθύνει μια διεπιστημονική ομάδα επαγγελματιών που καλούνται να υποστηρίξουν έναν βασικό τομέα προτεραιότητας για το μέλλον της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Ο εκτελεστικός διευθυντής είναι υπεύθυνος για τις δραστηριότητες και για την καθημερινή διαχείριση του Κέντρου και αποτελεί τον νόμιμο εκπρόσωπό του. Ο εκτελεστικός διευθυντής λογοδοτεί στο διοικητικό συμβούλιο και εκτελεί τα καθήκοντά του με πλήρη ανεξαρτησία στο πλαίσιο των εξουσιών που του ανατίθενται. Ο εκτελεστικός διευθυντής υποστηρίζεται από το προσωπικό του Κέντρου.